Zeljko Komsic je u vise navrata kritikovao ulogu Hrvatske i Srbije u unutrasnjim odnosima Bosne i Hercegovine posebno kada je rijec o Federaciji BiH i Republici Srpskoj
Prema Komsicu premijer Hrvatske Andrej Plenkovic je kroz politicki pritisak i diplomatsko djelovanje podrzao formiranje vlasti u Federaciji BiH mimo izborne volje gradjana sto on vidi kao direktno mijesanje u suverenitet Bosne i Hercegovine
Komsic tvrdi da je nametanje vlasti izvrseno kroz saveznistvo HDZ BiH sa strankama koje su prihvatile takav aranzman uz presudnu ulogu visokog predstavnika sto je po njemu dodatno produbilo politicku krizu i nepovjerenje medju narodima
Kada govori o Miloradu Dodiku Komsic ga opisuje kao kljucnog partnera Zagreba u Bosni i Hercegovini jer Dodik svojim djelovanjem slabi drzavne institucije i time objektivno ide u korist politikama koje Bosnu i Hercegovinu zele prikazati kao nefunkcionalnu drzavu
Komsic smatra da saradnja Plenkovica i Dodika nije ideoloska vec interesna jer obojica prema njegovim rijecima koriste krizu u Bosni i Hercegovini za unutrasnje politicke potrebe i za jacanje pozicija pred medjunarodnom zajednicom
On upozorava da ovakva politika vodi daljoj destabilizaciji zemlje blokadi reformi i udaljavanju Bosne i Hercegovine od evropskog puta te da je jedini izlaz u jacanju drzavnih institucija i postovanju volje gradjana a ne dogovorima izvan Bosne i Hercegovine
